Selon l’ article R.302-3 du CCH, « L’organe délibérant de l’établissement public de coopération intercommunale [...] indique [...] les personnes morales qu’il juge utile d’associer à l’élaboration du programme, ainsi que les modalités de leur association. » Depuis la loi MoLLE, cette association doit désormais comprendre, en plus de l’État, les communes membres et les établissements publics compétents en matière de plan local d’urbanisme.

L’association de la Région, du Département et des professionnels du logement (bailleurs et opérateurs sociaux) est conseillée. Les agences nationales de l'Etat concernées par la politique de l’habitat (ANaH, ANRU), les organismes d’insertion et d’accompagnement au logement et à l’hébergement (PACT, ADIL, missions locales, CLLAJ), les associations reconnues d’utilité publique (UDAF, CLI, CCAS, représentants d’usagers) peuvent aussi être associés. L’objet du PLH est de définir et de mettre en œuvre une politique locale de l’habitat ; c’est pourquoi le débat des élus entre eux et avec les professionnels de l’habitat est un point fort de la démarche.

Par ailleurs, conformément à l’ article R.302-6 du CCH, « Dès que la délibération prescrivant l’établissement du programme lui a été transmise, ou dès que l’arrêté conjoint est intervenu, le préfet définit, avec le président de l’établissement public de coopération intercommunale, les modalités d’association de l’Etat à son élaboration. »